Ist man als von den Prachtbauten Ephesos´ verwöhnter Besucher von den verbliebenen Ruinen an der Siebenschläferhöhle oder denen des Artemisions eher enttäuscht, so wird man von den Resten der Johannes-Basilika wieder entschädigt sein.

Die Johannesbasilika oder auch Johanneskirche war im 6. Jahrhundert von Kaiser Justinian I. über dem vermuteten Grab des Evangelisten Johannes errichtet. Die Basilika war eine der größten Sakralbauten des Byzantinischen Reiches. Sie blieb mit ihrer prächtigen Marmorausstattung bis ins 11. Jahrhundert unversehrt. Für den 110 m langen, kreuzförmigen Bau und seine sechs Kuppeln wurde der Berg um eine künstliche Terrasse erweitert. Auf dem oberen Plateau des Hügels befindet sich die seldschukische Zitadelle von Selçuk. Die Zitadelle befindet sich in Besitz des türkischen Militärs und kann nicht besichtigt werden.

Das Hauptschiff und die Kreuzarme waren von sechs großen Kuppeln überwölbt und innen ganz mit Marmor verkleidet. Die rekonstruierten Joche geben einen Eindruck von der Größe und den Proportionen der Kirche wieder. Das Grab des Johannes befand sich in der Krypta unter dem Altar. Das Areal war zum Schutz der Basilika und der angrenzenden Gebäude festungsartig gesichert. Die im 7. und 8. Jahrhundert erbauten Wehrmauern zogen sich bis zur Festung den Hügel hinauf.
An der von Erdbeben und fortwährenden Plünderungen zerstörten Basilika wurden ab 1908 zahlreiche archäologische Ausgrabungen und Restaurierungsarbeiten vorgenommen. Heute liegen die archäologischen Arbeiten in den Händen des archäologischen Museums Selçuk.