Priene gelangte mit dem Sieg der Römer unter Gnaeus Manlius Vulso über die Seleukiden im Jahre 190 v. Chr. vorerst als freier selbständiger Bundesgenosse in den Machtbereich Roms. Gegen 140 / 130 v. Chr. zerstörte eine Brandkatastrophe die im Westen gelegenen Stadtviertel. Durch Anschwemmungen des Großen Mäander schob sich die Küstenlinie mehr und mehr hinaus, wodurch Priene mit seinem Hafen zusehends an Bedeutung verlor.
In der Neuzeit erregten die Ruinen von Priene erstmals wieder 1673 das Interesse englischer Geschäftsreisender. Des berühmten Athenatempels wegen war Priene im 18. und 19. Jahrhundert ein Reiseziel auf den Forschungsreisen der Society of Dilettanti nach Ionien. Dabei legte 1868/69 Richard Popplewell Pullan das Athenaheiligtum weitgehend frei. Die systematische Ausgrabung großer Teile der Stadt begann 1895 durch den Archäologen Carl Humann. Nach dessen Tod 1896 wurde das Unternehmen von Theodor Wiegand und Hans Schrader fortgeführt. Wenige Jahre später wurden die Ergebnisse in einer ausführlichen Publikation vorgelegt. Im Jahre 1998 wurden die Grabungen unter der Leitung von Prof. Dr. Wulf Raeck wiederaufgenommen. In regelmäßigen Kampagnen werden vor allem die spätklassische und hellenistische Stadtplanung und Wohnarchitektur von Priene erforscht.
