Zu einem Individualbesuch von Ephesos gehört ein Besuch des archäologischen Museums im nahen Selçuk. Das Museum zählt nach Istanbul und Antalya zu einem der renommiertesten archäologischen Museen der Türkei. In den 1976 neu errichteten Museumsgebäuden werden die Funde seit 1964 aufbewahrt. In mehreren Sälen werden die schönsten Exponate aus Ephesos gezeigt.

Im Saal mit den Funden aus den Hanghäusern werden kleine Kostbarkeiten aus den Villen der reichen Epheser Oberschicht gezeigt. Bemerkenswert ist hier ein Marmorfresko des Philosophen Sokrates aus dem 2. Jh. n.Chr. wie auch eine Figur des Bes, einem ägyptischen Gott der Zeugung und Geburt. Die Figur ist ägyptischer Herkunft.

Im Saal der Artemis werden zwei Statuen der Artemis stimmungsvoll in Szene gesetzt. Es handelt sich um römische Marmorkopien, von denen die größere der beiden im Prytaneion von Ephesos gefunden wurde.
Man spricht gelegentlich von der vielbrüstigen Artemis als Fruchtbarkeitsgöttin, doch sind sich die Experten nicht einig, ob es sich um Stierhoden, Brüste oder gar Eier handelt. Die frühere Bedeutung des Gehänges ist im Laufe der Zeit verloren gegangen. Fest steht aber wohl , dass es sich beim Artemiskult um eine Fruchtbarkeitskult gehandelt hat.

Büste eines reichen Ephesier

In einem weiteren Saal beeindrucken u.a. die sichergestellten Skulpturen des Pollio-Brunnens. Eindrucksvoll ist dargestellt, wie Odysseus die Blendung Polyhems vorbereitet. Kaiserbüsten, eine Sonnenuhr mit Inschrift aus dem 3. Jh. n.Chr., sowie einige interessante Sarkophage, Friese und Figuren, wie z.B. die von Postkarten bekannte Miniatur des Eros bereichern die Ausstellung.