Priene, das wie die anderen griechischen Städte in Kleinasien die Autonomie behielt, hatte eine demokratische Verfassung, deren einzelne Ämter aus den Inschriften bekannt sind. Im Lauf der folgenden Jahrhunderte wurde die Stadt mit zahlreichen Marmorbauten immer weiter ausgebaut, die Agora mit Hallen umgeben. Zahlreiche mit Inschriften versehene Statuenbasen und Exedren zeugen vom Einfluss einzelner Familien.
Priene gelangte mit dem Sieg der Römer unter Gnaeus Manlius Vulso über die Seleukiden im Jahre 190 v. Chr. vorerst als freier selbständiger Bundesgenosse in den Machtbereich Roms. Gegen 140 / 130 v. Chr. zerstörte eine Brandkatastrophe die im Westen gelegenen Stadtviertel. Im Jahre 129 v. Chr. kam Priene wie auch das gesamte Reichsgebiet Pergamans per Testamentsbeschluss unter die Herrschaft des Römischen Reichs, wenn es auch nominell freie Stadt blieb. Die Mithridatischen Kriege von 89 - 65 v. Chr. brachten den wirtschaftlichen Niedergang der Stadt. Einige Bauprojekte zeugen jedoch von einer gewissen Erholung, die sich daran bis in die frühe Kaiserzeit anschloss, darunter vor allem die Fertigstellung des Tempels unter Augustus, in dem dieser von da an mit verehrt wurde. Durch Anschwemmungen des Großen Mäander schob sich die Küstenlinie mehr und mehr hinaus, wodurch Priene mit seinem Hafen zusehends an Bedeutung verlor.
Bei der Teilung des Römischen Reichs kam Kleinasien – und damit auch Priene – zum oströmischen Reich, das als byzantinisches Reich bis 1453 fortbestand. Vom 5. Jahrhundert an ist die Stadt als Bischofssitz belegt. Im 13. Jahrhundert wurde aus Spolien im Bereich der ehemaligen Agora ein Kastell errichtet. Mit der Eroberung durch die Türken gegen 1300 endet schließlich der Nachweis für die Besiedlung.
In der Neuzeit erregten die Ruinen von Priene erstmals wieder 1673 das Interesse englischer Geschäftsreisender. Des berühmten Athenatempels wegen war Priene im 18. und 19. Jahrhundert ein Reiseziel auf den Forschungsreisen der Society of Dilettanti nach Ionien. Dabei legte 1868/69 Richard Popplewell Pullan das Athenaheiligtum weitgehend frei. Die systematische Ausgrabung großer Teile der Stadt begann 1895 durch den Archäologen Carl Humann. Nach dessen Tod 1896 wurde das Unternehmen von Theodor Wiegand und Hans Schrader fortgeführt. Wenige Jahre später wurden die Ergebnisse in einer ausführlichen Publikation vorgelegt. Im Jahre 1998 wurden die Grabungen unter der Leitung von Prof. Dr. Wulf Raeck wiederaufgenommen. In regelmäßigen Kampagnen werden vor allem die spätklassische und hellenistische Stadtplanung und Wohnarchitektur von Priene erforscht.
Die heutigen Ausgrabungen werden vom Deutschen Archäologischen Institut durchgeführt. Auf der Homepage der Universität Frankfurt wird ständig über den Verlauf der Unternehmung berichtet.
Es besteht die Möglichkeit, durch eine Spende an das Archäologische Institut einen Beitrag zum Gelingen des Projektes zu leisten. Die Kontodaten finden Sie auf o.g. Homepage der Universität Frankfurt.